Sebagai komitmen membangun kualitas pengelolaan pendidikan tinggi, STT Baptis Papua telah menjalin kerja sama dengan beberapa lembaga baik secara nasional maupun internasional. Beberapa mitra kerja sama STT Baptis Papua adalah sebagai berikut:

1. Sinode Gereja Baptis Bapua

2. Pemerintah Provinsi Papua

3. Pemerintah Kabupaten Lani Jaya

4. Global Interaction Australi

5. Baptist Mission Australia

Kerja Sama dan Kemitraan