Sekolah Tinggi Teologi (STT Baptis Papua) merupakan yang sebelumnya Institut Theologia Baptis Irian Jaya didirikan pada Tgl 14 Februari 1979 oleh Gereja Baptis Irian Jaya (sekarang Persekutuan Gereja-Gereja Baptis Papua). Pendirian STTB ini diputuskan dalam sidang bersama Badan Pekerja Lengkap Sinode Gereja Baptis Irian Jaya di Distrik Tiom, Kabupaten Jayawijaya (sekarang Kabupaten Lanny Jaya) pada tanggal 12-14 Februari 1979, berdasarkan surat keputusan bersama No.01/SK/GBIJ/79 tanggal 14 Februari 1979. Sejak awal, tahun 1979/80 STT Baptis hanya mengelola Program Studi Teologi/Kependetaan. Namun dengan berjalannya waktu kebutuhan Guru Agama Kristen di gereja dan sekolah-sekolah Kristen semakin diperlukan. Karena itu, STT Baptis mengajukan ijin penyelenggara program studi PAK kepada Dirjen Bimas Kristen Kementerian Agama RI. Dan pada tahun 2012 STT Baptis mendapat ijin penyelenggara dengan nomor DJ.III/Kep/HK.00.5/247/2012.